Com a instalação dos cursos superiores em Sergipe, surgiram suas respectivas bibliotecas: de Ciências Econômicas (1948), Química (1950), Direito e Filosofia (1951), Serviço Social (1954) e Ciência Médicas (1961). Posteriormente, em 1968, esses cursos foram incorporados à Fundação Universidade Federal de Sergipe, continuando essas bibliotecas sem uma coordenação. Cria-se a Biblioteca Central, através da Resolução nº11/79/CONSU que aprova o Regimento datado de 07 de agosto de 1979, com a finalidade de planejar e incorporar todas as bibliotecas e coordenar a instalação definitiva para o campus universitário no ano de 1980. A Biblioteca Central da UFS contava, em sua primeira etapa, com uma área construída de 5.198 m², dispostos em dois pavimentos, com exceção da Setorial de Medicina, hoje funcionando anexo ao Hospital Universitário, e da Biblioteca Comunitária, no Colégio de Aplicação.

No exercício de 1995, a Biblioteca Central iniciou a automação de seus serviços, utilizando o SAB-II (Sistema de Automação de Bibliotecas), desenvolvido pela Universidade Federal de Santa Maria/CPD. Em 1999 foi instalada a nova versão do programa BIBLIOTECH (Sistema de Gerenciamento de Bibliotecas), e em 2002 concluímos a conversão retrospectiva do acervo, contando com os serviços de busca de informação através do catálogo-online com o serviço de empréstimo e renovação.

A partir de março de 2007, passamos a integrar a rede PERGAMUM – Sistema Integrado de Bibliotecas, o qual foi criado em 1995, com abrangência nacional e sede na cidade de Curitiba, tendo a Pontifícia Universidade Católica do Paraná (PUCPr) como detentora dos direitos autorais. O Pergamum funciona de maneira integrada, garantindo muito mais agilidade no acesso à informação.